Методы работы санитарный врач выбирает исходя из конкретной ситуации требований законодательства. На первом плане стоят:
информационно-аналитические методы наблюдения, оценки и прогнозирования изменений (тенденций) в окружающей среде и здоровье населения (социально-гигиенический мониторинг) для разработки предложений в проекты планов социального и экономического развития территорий; комплексные программы по охране здоровья населения, окружающей природной среды, улучшению условий труда и проживания граждан; их внесение в органы государственной власти и управления с целью обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения;
методы специальных санитарно-эпидемиологических исследований факторов, условий и причинно-следственных связей между состоянием здоровья и средой обитания человека;
динамическое санитарное наблюдение и описание отдельных объектов, административных территорий, групп и факторов риска, определяющих здоровье и санитарно-эпидемиологическое благополучие населения (с целью их гигиенической оценки и прогнозирования тенденций, проблемно-целевого планирования профилактических мероприятий);
метод экспертных оценок (санитарно-эпидемической ситуации, отдельных показателей здоровья и санэпидблагополучия населения);
методы объективной оценки санитарного состояния объекта, территории лабораторные и инструментальные исследования факторов окружающей среды;
статистические методы для обобщения и достоверного анализа полученных данных, графического их представления;
социологические методы (анкетирование, интервью, направленный опрос) для оперативного получения информации о факторах и группах риска, изменениях в здоровье населения, для медико-социального анализа;
экспериментальные исследования.